ディーゼル燃料、特にバイオディーゼル燃料中のアニオンは、エンジンに有害な堆積物を引き起こす可能性があります。イオンクロマトグラフィを用いた定量には、ディーゼルのアニオンを水溶液に転移し、ICに注入可能な状態にする必要があります。アニオンを水に転移させる典型的な方法は、インライン抽出を行い、その後インラインダイアライシスを行い、注入前にアニオンを水溶液に転移させることです（関連する陽イオンの分析についてはAN-C-101を参照）。実際のマトリックス除去法では、イソプロパノールで希釈したディーゼルをイソプロパノール流に注入し、予備濃縮カラムを通過させます。イソプロパノールがディーゼルを洗い流し、その後の超純水での洗浄工程で余分なイソプロパノールを除去します。
