Come è noto, in cromatografia ionica non soppressa dopo ogni iniezione del campione appare un picco di sistema. Lo stesso vale per la cromatografia ionica con soppressione. Qui il picco di sistema è di solito molto più piccolo, ma comunque può interferire pesantemente con gli ioni di interesse. In alcuni casi l'operatore non è neppure a conoscenza del fatto che il picco di interesse sia nascosto dal picco di sistema.
L'origine del picco di sistema come anche i fattori che influenzano la sua dimensione e la sua posizione sono ancora in fase di discussione. I due effetti principali sono:
- Il picco di sistema fluisce al tempo di eluizione dell’anione dell’eluente
- La dimensione del picco di sistema dipende dalla matrice del campione
Conoscere la posizione del picco di sistema con diversi tipi di colonne permette di selezionare la colonna in base alle esigenze della specifica applicazione.